يذهب الفتى "سينيشي كودو" مع صديقته ران إلى ملهى ليلي في عطلة نهاية الإسبوع ، حيث تحدث هناك جريمة قتل و تنتشر الفوضى داخل المكان ، وينفصل الصديقان عن بعضهما.

ينتبه المجرمين لمراقبة شينيشي لهم و يتزامن ذلك مع وصول رجال الشرطة داخل الملهى ، فيعاجلونه بضربة حتى يفقد الوعي ، ثم يقومون بإجباره على تعاطي عقار كان يفترض أن يقضي على حياته لينشغل رجال الأمن بإنقاذه بدلاً من اللحاق بهم.

و لكن العقار لا يؤتي مفعوله المفترض، حيث يتقلص حجم الشاب سينشي كودو، فيقرر الإنتقام من العصابة التي تسببت في تحويله للهيئة التي أصبح عليها.

ينتقل شينيشي للإقامة مع المحقق الشهير محدود الذكاء "توجورو" والد "ران" التي لا تكتشف هويته الحقيقية بعد أن أطلق على نفسه إسم المحقق كونان.

يواجه كونان بعض المتاعب الناتجة عن صغر حجمه في البداية ، ولكن الحذاء المزود بقوة الدفع الذي صممه له خصيصاً الدكتور أجاسا المخترع العبقري عوضه عن ساقيه الضعيفتين ، و رابطة العنق السحرية عالجت رقة صوته. هذا بالإضافة لساعته الخاصة التي تساعده كثيراً في القبض على الأشرار.

و لكنه لم يتمكن حتى الآن من الوصول للعصابة التي تسببت في تقليص حجمه على الرغم من ذكاءه الشديد الذي مكنه من القبض على عدد كبير من الأشرار و المجرمين